医保和合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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医保 ：主要针对城镇职工，包括在职职工和灵活就业人员，以及部分非农业户口的城镇居民。
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合作医疗 （新农合）：主要针对农村户口的农民，且需以家庭为单位整户参加。
- 缴费主体和方式 ：
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医保 ：由用人单位和职工共同缴纳，单位缴纳大部分费用，职工缴纳小部分费用。
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合作医疗 ：由农民自己承担全部费用，费用一般较低且固定。
- 缴费金额 ：
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医保 ：缴费金额较高，通常根据职工工资的一定比例收取，且单位和个人共同承担。
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合作医疗 ：缴费金额较低，每年集中缴费，标准根据地区经济条件有所不同。
- 保障待遇 ：
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医保 ：保障较为全面，包括住院医疗、大病补助、特殊病种医疗费用的包干待遇等，且累计缴费满一定年限后，退休后可终身享受医保待遇。
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合作医疗 ：保障相对较低，主要是广覆盖，但报销比例和保障额度较低，且没有退休政策，需终身缴费。
- 管理方式 ：
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医保 ：属于社保系统管理，筹资水平较高，报销比例也较高。
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合作医疗 ：由卫生局业务管理，筹资水平较低，报销比例也相对较低。
综上所述，医保和合作医疗在覆盖对象、缴费主体和方式、缴费金额、保障待遇以及管理方式等方面存在明显差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保障方式，以确保获得充分的医疗保障。