住院结算时是否会扣医保卡里的钱，需要分情况来看：

个人自付部分

住院医疗费用中，属于医保报销范围内的费用，在扣除医保报销起付线和按报销比例计算后，剩余需要个人承担的部分，会优先从医保卡里的个人账户余额中扣除，如果个人账户余额不足，则需要个人现金支付。

个人自费部分

有些药品、诊疗项目和服务设施等不在医保报销目录内，属于个人自费部分，这些费用不能通过医保报销，需要个人用现金（包括支付宝、微信等支付方式）支付，不会从医保卡的个人账户中扣除。

住院押金

住院时通常需要缴纳一定金额的押金，押金的支付一般是现金，但在出院结算时，押金会根据实际费用多退少补。

跨省就医

2025年医保新规实施后，全国80%地区实现住院费用跨省直接结算，2026年将实现全覆盖，届时住院费用可以直接通过医保卡结算，无需再垫付全款后回参保地报销。

不同地区的医保政策可能有所差异，具体规定还需咨询当地的医保部门。