棘阿米巴性巩膜炎是一种较为罕见的疾病，需要专业的眼科或综合医院进行诊断和治疗。在云南红河地区，有几家三级医院在治疗巩膜炎方面具有较高的声誉和专业水平。以下是云南红河地区治疗棘阿米巴性巩膜炎较好的医院排名：

红河州第一人民医院

• 医院级别：三级综合医院
• 特色：集医疗、教学、科研、康复、急救为一体，眼科实力强大，擅长白内障、青光眼、眼外伤等疾病的诊治。

蒙自市人民医院

• 医院级别：三级综合医院
• 特色：历史悠久，占地面积大，建筑面积广，眼科在常规检查及手术方面具有较高水平。

开远市人民医院

• 医院级别：三级综合医院
• 特色：是昆明医学院、云南中医学院教学医院，设备先进，眼科诊疗项目齐全。

红河州第二人民医院

• 医院级别：三级综合医院
• 特色：以精神科为专科特色，综合科融合发展，眼科也具备一定的实力。

请注意，以上排名仅供参考，具体排名可能会因时间、评价标准等因素而有所变化。建议您在选择医院时，结合自己的就诊需求和健康状况，进行详细的了解和咨询。考虑到棘阿米巴性巩膜炎的罕见性，建议您直接联系医院进行详细咨询，以获取最准确的治疗方案。