北京协和医院作为国内领先的综合性医疗机构，拥有多个国家级重点临床专科，并在多个领域具有深厚的造诣。以下是一些协和医院擅长的疾病领域：
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罕见病 ：协和医院建立了全国首个罕见病多学科诊疗中心，每年举办罕见病MDT会诊超1000例，涵盖戈谢病、庞贝病、法布雷病等200余种罕见病。
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风湿免疫科 ：擅长系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等疑难风湿病的诊治，年接诊量超10万人次。
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放射科 ：影像诊断技术国际领先，年影像检查量超200万例，疑难病例诊断准确率超95%。
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妇产科 ：高危妊娠诊治、妇科肿瘤手术水平全国领先，年分娩量超1.5万例。
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神经内科 ：擅长脑血管病、帕金森病等神经系统疾病的诊治。
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普通外科 ：在肝胆、胃肠、甲状腺、乳腺等多个领域取得了卓越成就，尤其在微创手术、机器人手术等前沿技术上不断探索与创新。
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内分泌科 ：在糖尿病、甲状腺疾病等内分泌代谢性疾病方面具有深厚的造诣。
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心血管内科 ：国内最早开展心脏介入治疗的科室，提供全面的心血管疾病诊断和治疗。
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肿瘤中心 ：国内最大的综合性肿瘤诊治机构，提供个体化的肿瘤治疗方案和多学科协作的综合治疗。
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神经外科 ：国内最早开展神经外科手术的科室，具有丰富的临床经验和技术水平。
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消化内科 ：国内最具影响力的消化病诊治中心之一。
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呼吸内科 ：国内最早开展呼吸系统疾病诊治的科室。
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变态（过敏）反应科 ：擅长诊治各种过敏性疾病，包括花粉症、哮喘、荨麻疹、食物过敏等。
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男科 ：擅长性功能障碍、阳痿、早泄、前列腺炎、生殖感染、生殖整形、性欲减退、不育症等疑难杂病。
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核医学科 ：在核医学医疗、研究与培训方面具有突出贡献，多个诊疗项目为国内领先。
这些科室和领域使得北京协和医院在疑难重症的诊治方面具有极高的声誉和权威，吸引了大量患者前来就诊。