云南昆明治疗系统性红斑狼疮性巩膜炎较好的医院包括云大医院（综合实力强、科室齐全）和云南省红会医院（专科经验丰富、医生资源充足），两家均为三甲医院，提供专业诊疗与挂号服务。
云大医院
作为昆明市老牌三甲综合医院，拥有360个科室和1400余位医生，综合评分高达9.33。其巩膜炎诊疗团队支持7位医生在线咨询、15位医生可预约，适合需要多学科联合诊疗的复杂病例，尤其是合并系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病的患者。云南省红会医院
专科优势突出，巩膜炎相关可挂号医生达137位，医生资源更为集中。医院评分虽略低（1.64），但针对性强，适合需长期随访或针对性治疗的患者。
建议根据病情复杂程度选择医院：综合需求优先云大医院，专科深度治疗可考虑红会医院。