贵州省黔东南州治疗干眼症的主要医院如下：
黔东南州中医医院眼科
特色 ：州内唯一中西医结合眼病治疗机构，设有中医干眼门诊，采用中西医结合疗法。
资质 ：集医疗、科研、教学、防盲治盲等功能于一体，是黔东南州残疾儿童定点康复机构。
贵州医科大学第二附属医院眼科
特色 ：专业齐全，承担省内外医学院校临床教学任务，拥有杨芳文副主任医师等中青年技术骨干团队。
说明 ：该医院虽未明确提及干眼症治疗，但作为地区性眼科权威机构，具备综合诊疗能力。
建议 ：干眼症治疗可优先考虑黔东南州中医医院眼科的中医干眼门诊，或咨询贵州医科大学第二附属医院眼科的诊疗方案。