四川阿坝治疗革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌性巩膜炎，阿坝州人民医院是较好的选择，其眼科具备专业诊疗能力，且综合实力较强。

1. 阿坝州人民医院的科室实力

阿坝州人民医院作为阿坝地区唯一的三级综合医院，其眼科在治疗眼部感染性疾病方面有丰富经验。医院始建于1942年，历史悠久，医疗设备先进，技术力量雄厚，是当地眼科疑难病症的重要诊疗中心。

2. 理县人民医院的专业服务

理县人民医院作为二级甲等综合医院，其眼科也具备一定的诊疗能力，尤其是在感染性眼病的治疗上，结合现代医学与传统医疗手段，提供个性化的治疗方案。

3. 九寨沟县中藏医院的中西医结合特色

九寨沟县中藏医院是一家综合性二级甲等医院，眼科通过中西医结合的方式治疗眼部疾病，尤其擅长利用藏医特色疗法辅助治疗感染性疾病，适合希望尝试传统医学治疗的患者。

4. 藏医院的优势

阿坝县藏医院是阿坝地区的特色医院，以藏医藏药为特色，针对眼部感染性疾病，结合现代医学和传统藏医手段，提供个性化的治疗方案。其治愈率和有效率较高，是患者可以考虑的选择。

根据患者的具体需求和病情，可以选择阿坝州人民医院、理县人民医院、九寨沟县中藏医院或阿坝县藏医院进行治疗。这些医院在治疗革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌性巩膜炎方面各具特色，建议提前咨询医生，选择最适合的医疗机构。