农村合作医疗异地使用备案流程如下：
线上备案
确定当地是否开通网上备案：通过 “国家异地就医备案” 小程序或当地医保局官网、公众号等渠道查询。目前在小程序上，已有 26 个省级地区、221 个地区能线上办理备案。
确定就医医院：登录 “国家医保服务平台”（fuwu.nhsa.gov.cn），查询支持异地结算的医院，确保所选医院纳入异地直接结算网络。
申请备案：打开 “国家异地就医备案” 小程序，点击 “快速备案”，如实填写信息，可为自己或家人备案。若省内跨市就医，可登录当地医保局官网操作。
线下备案
可前往当地的医保局柜台，携带相关材料，如身份证、社保卡、异地居住证明等，填写备案申请表，由工作人员进行审核和办理。
注意事项
备案时间：建议在就医前尽早办理备案，部分地区允许备案开始时间提前至入院日期之前，备案成功后，需按异地医保人员身份重新办理入院登记，确保出院时能享受跨省直接结算服务。
备案有效期：跨省异地长期居住人员备案有效期由参保人自行设定，最短期限为 6 个月，6 个月内不得取消；其他跨省临时外出就医人员备案有效期为 6 个月，可随时取消。
就医医院选择：必须选择已开通异地就医直接结算服务的定点医疗机构。