城乡居民医保在跨市就医时存在一些政策差异，主要体现在以下几个方面：
就医管理方面
转诊转院要求 ：在一些地区，参保人员需遵循“就近医疗，逐级转诊”的原则，确因病情需要转诊转院治疗的，应按参保地规定办理转诊手续，否则可能需自行承担一定比例的费用。如衡阳市规定，在市域内未办理转诊转院手续而发生的政策范围内医疗费用，参保人员应先负担 10% 的自理费用。
异地就医备案 ：跨省异地就医一般需要提前办理异地就医备案手续，备案方式多样，可通过国家医保服务平台 APP、国家异地就医备案小程序、国务院客户端小程序或参保地经办机构窗口等线上线下途径办理。而省内跨市就医部分地区可能也需要进行备案，但具体要求和流程可能相对简化。
报销待遇方面
起付标准 ：不同地区的起付标准存在差异，以 2025 年为例，上海的起付标准为 2000 元，而河南新乡的起付标准则根据医疗机构级别不同有所区别，如乡镇卫生院、社区卫生服务机构为 200 元，一级医疗机构（含中心卫生院）为 400 元，二级医疗机构为 600 元，市属三级医疗机构为 1200 元，市内省属三级医疗机构为 1500 元。
报销比例 ：跨市就医的报销比例通常会低于在本地就医的报销比例。如清远市参保人异地住院报销比例，一级医疗机构为 70%，二级医疗机构为 60%，三级医疗机构为 50%，而在市内住院报销比例，一级医疗机构为 90%，二级医疗机构为 75%，三级医疗机构为 65%。此外，跨省临时外出就医人员的报销政策，各统筹地区会根据实际情况合理设定，原则上，异地转诊人员和异地急诊抢救人员支付比例的降幅不超过 10 个百分点，非急诊且未转诊的其他跨省临时外出就医人员支付比例的降幅不超过 20 个百分点。
最高支付限额 ：不同地区的最高支付限额也有所不同，如河南新乡城乡居民大病保险一年最高可报销到 40 万元，而部分地区可能没有明确的最高支付限额规定，或者限额标准更高或更低。
待遇享受方面
门诊待遇 ：部分地区对跨市就医的门诊待遇会有所限制，如普通门诊统筹基金支付比例可能会降低，或者对特定病种门诊的报销额度和范围有所调整。
医保关系转移接续 ：居民医保参保人员因户籍或常住地变动跨统筹地区流动，原则上当年度在转入地不再办理转移接续手续，参保人员需按转入地规定参加下一年度居民医保后，才可申请转移接续。