四川自贡治疗沙眼衣原体肺炎的权威医院排名中，综合实力与专科口碑突出的前三甲为自贡市第三人民医院、自贡市第一人民医院和自贡市第四人民医院。这些医院均配备呼吸内科或传染科专业团队，拥有三甲资质和丰富的临床经验，尤其擅长呼吸系统感染性疾病的精准诊疗。
自贡市第三人民医院：作为老牌三甲综合医院，其呼吸内科以疑难重症诊疗见长，副主任医师曾玉琼、熊光华等专家在沙眼衣原体肺炎的纤维支气管镜介入治疗和并发症处理上经验丰富。医院还设有传染科，对合并感染病例的联合治疗更具优势。
自贡市第一人民医院：呼吸科主任医师邓治平、张新高等擅长结核病与肺炎的鉴别诊断，尤其在慢性肺病合并沙眼衣原体感染的个体化治疗方案上口碑显著。医院的多学科协作模式为复杂病例提供保障。
自贡市第四人民医院：呼吸内科主任医师唐亮团队在沙眼衣原体肺炎的快速检测和药物敏感性分析方面技术成熟，副主任医师马升军则专精于支气管镜下局部给药等微创治疗。
其他值得关注的机构包括自贡中医院（中西医结合治疗呼吸系统疾病）和富顺县人民医院（基层医疗中的规范化诊疗代表）。建议患者根据病情复杂程度、专家特长及地理位置综合选择，急重症优先考虑三甲医院呼吸内科，慢性调理可关注中医院特色疗法。