新疆博尔塔拉地区在治疗小儿家族性自主神经失调综合征方面，有几家医院排名靠前，具体如下：

新疆博尔塔拉蒙古自治州人民医院

• 医院简介：该医院儿科由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成，熟悉儿科常见病、多发病、疑难病的诊治。
• 擅长领域：尤其在治疗小儿急性上呼吸道感染、小儿急性支气管炎、小儿支气管肺炎、小儿支气管哮喘，或小儿咳嗽变异性哮喘、小儿急性胃肠炎、小儿病毒性肠炎等方面具有显著优势。

新疆生产建设兵团第五师医院

• 医院简介：该医院儿科在治疗小儿急性上呼吸道感染、小儿急性支气管炎、小儿支气管肺炎、小儿支气管哮喘、小儿消化不良、小儿便秘、小儿肠胃炎等方面具有显著优势。
• 擅长领域：小儿内科常见病及疑难病的诊治方面积累了大量的优质专家资源和丰富的临床诊疗经验。

请注意，以上信息仅供参考，具体医院的选择还需根据患者的具体病情、医院的诊疗设备、医生的专业水平以及医院的服务质量等多方面因素综合考虑。建议患者在选择医院时，可以咨询相关专业人士，以便做出更明智的选择。