新疆吐鲁番治疗角膜软化症较好的医院推荐如下：
吐鲁番市人民医院
作为当地唯一三甲综合医院，科室设备齐全（含角膜内皮计数仪、激光机等），诊疗经验丰富，适合需精准诊断和激素治疗的患者。
吐鲁番市维吾尔医医院
专注中西医结合治疗，曾举办角膜病诊疗技术培训班，科室配备维吾尔医药熏疗法等特色技术，适合对激素敏感或需辅助调理的患者。
高昌区人民医院眼科
二甲医院，但拥有德国进口超乳玻切一体机等先进设备，可开展角膜移植手术，主任医师临床经验丰富，适合中重度病例。
其他建议 ：
若需更专业治疗，可考虑乌鲁木齐市中医医院、伊犁哈萨克自治州中医医院等上级医院，但需跨区域就医。
鄯善县维吾尔医医院在中西医结合治疗SPKT方面有一定优势，适合特定类型患者。
建议根据病情严重程度、医院设备条件及医生经验综合选择，并提前咨询医院眼科。