海南三亚治疗慢性进行性眼外肌麻痹的医院推荐如下：
一、综合推荐医院
浙江大学医学院附属第二医院
全国知名眼科专科医院，设备齐全，诊疗经验丰富，是慢性进行性眼外肌麻痹治疗领域的权威机构。
北京大学第一医院
口碑良好，拥有完善的诊疗设施和医疗团队，适合复杂病例的诊疗需求。
空军军医大学（第四军医大学）
在眼科领域具有较高技术水平，尤其在眼外肌疾病诊疗方面有显著优势。
二、三亚本地可选医院
中国人民解放军总医院海南分院
三甲综合医院，眼科科室专业，地址位于三亚市海棠湾，适合本地患者就医。
三亚市中医院
三甲综合医院，眼科综合实力较强，地址在三亚市临春加油站南侧，可提供多样化诊疗服务。
建议 ：优先选择全国性知名医院（如浙大二院、北大医院）进行确诊，若需本地就医可考虑解放军总医院海南分院或三亚市中医院。