深圳二档社保的扣费方式如下：
- 门诊费用 ：
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基本医疗二档参保人门诊在选定社康中心就医，经结算医院同意，可以在与选定社康中心同属于一家结算医院下设的其他定点社康中心门诊就医；住院及门诊大病在深圳市内定点医疗机构就医。
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门诊费用中，个人账号支付70%，统筹基金支付30%。但需要注意的是，基本医疗二档和三档每年有1000元的门诊费用限制，且必须在绑定的社康医院才能享受。
- 住院费用 ：
- 住院费用可以在深圳市内定点医疗机构就医，并可以申请报销。报销比例和范围根据深圳医保政策执行。
- 缴费标准 ：
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养老保险：公司缴纳13%，个人缴纳8%。
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医疗保险：缴费最低基数为6054元，公司缴纳0.6%，个人缴纳0.2%。在社保局绑定定点医院可申请报销门诊费用，任何医保定点医院的住院费用可申请报销。
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失业保险：公司缴纳2%，个人缴纳1%。
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工伤保险：公司缴纳0.4%。
- 就医流程 ：
- 在社康中心看病时，需先用社保卡到挂号窗口挂号，看完病后到缴费窗口缴费。若需到医院就医，需在社康办理转诊手续，转诊单当天有效。
深圳二档社保的扣费方式主要是在社康中心或指定定点医疗机构就医时，通过社保卡进行挂号、缴费和报销。个人和公司分别承担不同比例的缴费，其中医疗保险的个人账户支付70%，统筹基金支付30%。二档医保每年有1000元的门诊费用限制，且必须在绑定的社康医院才能享受。