合作医疗的报销时间限制因地区而异，以下是不同地区合作医疗报销的时间规定：
门诊报销：门诊报销一般是在就诊后的7天内进行申报，超过7天则无法报销。
住院报销：
在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
当年发生的医疗费原则上在次年的1月底前必须结清。
各地规定不一样，一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。跨结算年度2个月，原则上不予结算。
有时间限制的，限制时间是一年。因为第二年重新筹资，需要重新参合，重新设定报销方案。
定点报销的地方一般要求3个月内报销，有特殊情况可以延长至6个月。
不同城市有不同的报销时间限制，比如深圳参保人先行支付医疗费用的，应在费用发生或出院之日起十二个月内申请报销，逾期不予报销。上海参保人员零星报销应在就医医疗机构开具收据之日起的3个月内申请。
新型农村合作医疗报销的期限为一年，隔年作废，所以一定要在次年1月底之前全部结清。如果超过规定限制时间，是不予报销的。对于异地结算的，一般要在3个月之内结算。
