昆明医科大学最好的社团并没有一个明确的答案，因为不同的社团有不同的特色和优势。以下是一些在昆明医科大学较为知名的社团：
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学生生态健康科普协会 ：该协会成立于2022年，注重于生态健康相关学术研究和科普宣传，设立了业务部、策划部和办公部等多个部门，会员人数众多，且荣获了2023年度“五星级社团”荣誉。
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茶文化交流协会 ：由一群茶文化爱好者组成，旨在促进茶友之间的相互交流，弘扬茶文化，丰富大学生活，提高学生综合素质。该协会也荣获了2023年度学校五星级社团的荣誉。
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学生大学生创业协会 ：成立于2013年，以“激发创新潜能，培养创业精神”为宗旨，致力于建立创新意识覆盖、创业知识普及、双创活动供给、双创竞赛组织的平台。该协会连续被评为“四星级社团”，并在“学创杯”竞赛中取得优异成绩。
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英语口语协会 ：成立于2011年，旨在激发学习兴趣，开阔学生视野，扎实英语基础，培养实践能力。协会通过举办演讲比赛等活动，锻炼学生的英语口语能力，并传播中国声音。
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学生马克思主义学社 ：成立于2020年，注重于学习、研究马克思主义理论经典，弘扬和践行马克思主义核心思想，提高学生的理论素养和社会责任感。
这些社团在各自的领域内都有显著的成绩和影响力，因此很难说哪一个是最好的。建议你可以根据自己的兴趣和需求，选择最适合自己的社团加入。