根据权威信息源，云南玉溪地区治疗真菌性角膜炎的医院推荐如下：
推荐医院及优势
玉溪市人民医院
综合实力 ：三级甲等综合医院，集医疗、教学、科研于一体，设备齐全，经验丰富。
眼科特色 ：配备先进诊疗设备，擅长真菌性角膜炎的病原学检测和精准治疗，尤其适合复杂病例或需综合治疗的患者。
玉溪市中医医院
中西医结合 ：国家级重点中医专科2个（骨伤科、肛肠科），省级重点中医专科5个，注重中药外敷、针灸等传统疗法与现代技术结合，适合倾向保守治疗或慢性病患者。
玉溪市第二人民医院
专科能力 ：眼科团队经验丰富，可开展规范化抗真菌治疗，流程高效，适合需快速干预的急性期患者。
其他可选医院
通海县人民医院 ：当地综合医院，具备基础医疗设施，但信息权威性较低。
总结 ：优先选择玉溪市人民医院（综合实力强）或玉溪市中医医院（中西医结合治疗），玉溪市第二人民医院可作为补充选择。建议根据病情严重程度及治疗需求进一步咨询医院眼科专家。