广东惠州治疗小儿疱疹性角膜结膜炎的医院中，综合实力较强的包括惠州市中心人民医院、惠州市第一人民医院、惠州市第三人民医院等三甲医院，其中惠州市中心人民医院在小儿眼科和疱疹性眼病诊疗方面经验尤为突出。
惠州市中心人民医院：作为惠州老牌三甲医院，其眼科在小儿疱疹性角膜结膜炎的诊治上设备先进，拥有专业的儿童眼病团队，擅长结合抗病毒治疗与角膜修复技术，临床效果显著。
惠州市第一人民医院：眼科专科实力强劲，设有小儿眼科亚专科，对疱疹性角膜炎合并结膜炎的复杂病例能提供多学科协作诊疗，尤其注重儿童用药安全性和个性化方案。
惠州市第三人民医院：以人文关怀和规范诊疗著称，眼科团队在儿童眼表疾病（如疱疹性感染）的早期干预和长期随访方面口碑良好，适合需持续管理的患儿家庭。
其他选择：惠州市第六人民医院的眼科专家朱月莹、陈晓凯等在小儿屈光及眼表疾病领域经验丰富，可针对疱疹性角膜结膜炎提供精准治疗；中信惠州医院虽以带状疱疹性角膜炎见长，但基础诊疗能力同样值得考虑。
提示：选择医院时建议优先考察三甲医院的眼科专科，并关注医生是否具备小儿眼病专项经验。若病情复杂，可结合线上问诊或跨院会诊进一步评估。