血透医院建在小区是否合法，主要取决于是否获得了相关的审批和是否符合相关规定 。
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法律规定 ：根据《中华人民共和国物权法》和《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，将住宅改变为经营性用房，除遵守法律、法规以及管理规约外，应当经有利害关系的业主同意。同时，血液透析中心作为医疗机构，其设立需要符合严格的医疗规范、环保要求及审批流程。
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环保和卫生要求 ：血液透析中心在运营过程中会产生医疗废弃物和辐射，因此必须经过环保评测，各项条件必须通过卫生部门和环保部门的许可才能营业。此外，还需要进行民意调查，征求周围居民的意见，如果周围居民不同意，则无法建立。
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审批流程 ：建设血液透析中心需要向相关部门提交申请，包括土地使用审批、规划许可、建设许可等，并经过严格的审批程序。未经审批或未获得相关许可的建设行为可能构成违法违规行为，可能会面临责令拆除、罚款等处罚。
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业主同意 ：即使获得了所有必要的审批和许可，还必须征得周边居民的同意。如果业主和居民普遍反对，医院仍然不能强行建设。
综上所述，血透医院建在小区是否合法，需要综合考虑多个因素，包括是否经过相关部门的审批、是否符合环保和卫生要求、是否征得周边居民的同意等。建议在建设前进行充分的评估和沟通，确保符合所有相关法律法规的要求。