深圳的社保系统确实支持CT检查的报销，但具体报销比例和条件有所限制。
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住院期间的CT检查费用可以报销 。无论是在镇卫生院、二级医院还是三级医院进行住院CT检查，患者都可以根据医院的级别获得一定比例的报销。具体来说，镇卫生院的报销比例是60%，二级医院是40%，三级医院是30%。如果住院费用一次性或全年累计超过5000元，那么超出部分将按照不同的比例进行报销，具体比例为5001-10000元可支付65%，10001-18000元可获70%的补偿。
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门诊CT检查费用通常不能报销 。CT检查在门诊进行的情况下，大多数情况下不能通过医保进行报销。然而，如果患者使用医保卡支付，部分地区可能会根据具体情况扣除医保卡中的费用。
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报销需要遵循特定流程 。患者在住院期间进行CT检查后，需要将相关的费用结算单、住院结算单等资料报给医疗保险经办机构。医疗保险经办机构审核后，将作为每月预拨及年终决算的依据。患者在办理报销时，需要携带社保卡、身份证等相关证件，并按照相关流程签字办理。
综上所述，深圳的社保系统能够报销住院期间的CT检查费用，但门诊CT检查费用通常不能报销。患者在进行CT检查前应了解当地的医保政策和报销标准，以确保能够最大限度地享受医保报销的优惠。