山东第一医科大学存在以下缺点：

1. 名气不足 ：与南方医科大学、南京医科大学、首都医科大学和中国医科大学等名校相比，山东第一医科大学的临床研究生生源质量有所下降，导致其研究生教育水平与这些独立医科大学存在差距。

2. 专业设置不合理 ：学校存在过多乱七八糟的专业，有些专业的发展前景不明确，甚至有些专业的老师仅为本科水平。这些专业可能会影响学校的整体教育质量和未来发展。

3. 内部关系未理顺 ：学校由多个单位组成，如泰山医学院、省医科院和新加入的附属医院，但这些单位之间尚未形成有机的整体，存在内部关系不协调的问题。

4. 注重虚名多于实际 ：学校的对外宣传较为高调，但实际成就与宣传存在差距。例如，校长宁光院士被聘为上海交通大学附属瑞金医院的院长，这可能会影响学校的名誉和实际影响力。

5. 保研和博士名额不足 ：受限于以前的底子，学校的保研和博士名额相对较少，但这一问题有望在省里的支持下得到解决。

6. 学院管理问题 ：有学生反映，学院在评奖评优、团支书的工作方式、男女比例等方面存在问题，这些问题可能会影响学生的日常生活和学习体验。

7. 科研规模较小 ：虽然山东省医学科学院的科研能力较强，但其规模较小，影响力有限，且曾与济南大学联合办学，但随着山东第一医科大学的成立，该学院已并入山东第一医科大学。

8. 网络舆论压力 ：学校近年来经常成为舆论焦点，网络上存在大量负面评价，这可能会对学校的声誉和形象造成影响。

这些缺点在一定程度上影响了山东第一医科大学的综合竞争力和未来发展。建议学校在未来的发展中，针对这些问题进行改进和优化，以提高学校的整体水平和影响力。