农村合作医疗的住院报销比例根据医疗机构的级别有所不同，具体如下：
一级医疗机构
报销比例：政策范围内报销比例可达90%。例如，某农民在乡镇卫生院住院，医疗费用为5000元，报销金额为4500元，个人只需支付500元。
二级医疗机构
报销比例：政策范围内报销比例可达80%。例如，某农民在县级医院住院，医疗费用为1万元，报销金额为8000元，个人需支付2000元。
三级医疗机构
报销比例：政策范围内报销比例可达60%。例如，某农民在市级医院住院，医疗费用为2万元，报销金额为1.2万元，个人需支付8000元。
住院医疗最高支付限额
最高支付限额：2025年新农合住院医疗最高支付限额为10万元。
这些报销比例和限额为农民在不同级别的医疗机构住院治疗时提供了相应的医疗保障，有效减轻了农民的医疗负担。