新疆乌鲁木齐三甲医院包括：
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新疆自治区人民医院 ：始建于1934年，是一所大型综合性三级甲等医院，集医疗、教学、科研、预防、保健和社区卫生服务为一体。
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新疆医科大学第一附属医院 ：始建于1956年，是一所大型综合性研究型医院，集医疗、教学、科研、预防和管理为一体。
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新疆医科大学第二附属医院 ：建于1954年，是一所省级综合型三级甲等医院，集医疗、教学、科研、康复与预防保健为一体。
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新疆兵团医院 ：位于新疆乌鲁木齐市青年路232号，是一所公立的三级甲等综合性医院。
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新疆肿瘤医院 ：具体信息未提供，但也被列为三甲医院。
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新疆自治区中医医院 ：位于新疆乌鲁木齐市黄河路116号，是一所三级甲等中医医院。
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乌鲁木齐儿童医院 ：具体信息未提供，但也被列为三甲医院。
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新疆军区总医院 ：位于新疆乌鲁木齐市，是一所大型三级甲等综合性医院，担负全区部队官兵医疗保障任务。
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兰州军区乌鲁木齐总医院 ：位于新疆乌鲁木齐市友好北路41号，是一所三级甲等综合性医院。
建议：
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新疆自治区人民医院 和 新疆医科大学第一附属医院 在新疆乃至全国都有很高的知名度和影响力，建议优先选择。
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新疆医科大学第二附属医院 和 新疆兵团医院 也是不错的选择，具体选择可根据患者病情和医院专业特长来决定。
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新疆肿瘤医院 和 新疆自治区中医医院 则适合有特定医疗需求的患者。