是的，农村合作医疗在很多情况下实行先自费后报销的制度。

农村合作医疗作为一种由政府组织、引导和支持的医疗保障形式，旨在为农村居民提供基本医疗服务和经济保障。在实际操作中，参保人员通常需要先行支付医疗费用，之后根据当地政策规定的比例和限额进行报销。这一机制要求患者在就医时保留好所有相关的证明材料，如发票、病历等，以便后续申请报销。

（一）报销的基本条件与流程

1. 参保要求
   参保人必须已经缴纳了农村合作医疗保险费用，并且在保险有效期内发生医疗支出。未按时缴费可能导致无法享受报销待遇。

2. 符合报销范围
   医疗费用需在新农合目录内，包括药品、诊疗项目和服务设施等。超出目录范围的费用一般不予报销。

3. 时限规定
   报销申请应在治疗结束后一定时间内提交，具体时间因地区而异，逾期可能影响报销资格。

4. 报销流程
   患者需将准备好的资料交给村（社区）合作医疗联络员，经审核后上报至镇级或区级相关部门处理。

（二）不同医疗机构的报销差异

注：以上数据仅供参考，具体数值以各地最新政策为准。

1. 基层医疗机构优势明显
   为了鼓励参合农民更多地利用基层卫生服务资源，各级政府通常会对基层医疗机构设置更低的起付线和更高的报销比例。

2. 县级及以上医院限制较多
   对于非急诊情况，在没有转诊证明的情况下直接前往上级医院就诊可能会导致报销比例下降。

（三）特殊情况下的报销规则

1. 门诊慢性病与特殊疾病
   自2023年起，部分城市已取消城乡居民门诊慢特病门槛费，特殊疾病报销比例统一提高至80%，其他慢性疾病最低可达60%。

2. 交通事故及第三方责任
   根据相关规定，应当由第三人负担的医疗费用不在新农合报销范围内，例如交通事故中的赔偿责任方应承担相应费用。

3. 跨省异地就医
   跨区域就医需要提前备案，并遵循特定流程才能获得相应的报销权益；否则可能面临较高的自付比例。

农村合作医疗确实存在先自费后报销的情况，但其能否成功报销以及具体的报销额度取决于多种因素，包括是否符合参保条件、是否属于报销范围内、就医机构级别及个人健康状况等。了解并掌握最新的地方性政策对于最大化利用农村合作医疗至关重要。通过合理规划就医路径和充分准备相关材料，可以有效减轻因疾病带来的经济压力。