红河谷漂流之所以停止运营，主要基于以下几个关键因素：

1. 景区运营问题：景区在面对大量游客时，未能有效管理导致秩序混乱。大量人流聚集使得道路交通瘫痪，摆渡车无法正常循环，游客滞留现象严重。景区应急处理不当，没有及时采取有效的应急预案来维持秩序，进一步加剧了事态的恶化。

2. 政府与企业间的纠葛：红河谷漂流景区背后存在一系列复杂的政企关系问题。清原县政府与辽宁清原红河峡谷漂流有限公司之间的经营期限纠纷、历史遗留问题等，直接影响了景区的正常运营。这些纠葛导致景区在投入和运营上缺乏明确方向，影响了其长期发展的稳定性。

3. 天气原因：天气变化也是影响红河谷漂流运营的一个重要因素。由于漂流活动高度依赖天气条件，恶劣天气如暴雨、洪水等会直接威胁到游客的安全，因此景区不得不暂停运营以确保游客安全。

4. 设施与服务不足：从游客反馈来看，红河谷漂流景区在设施和服务方面存在明显不足。例如，摆渡车数量不足、接待能力有限、游客等待时间过长等问题都严重影响了游客的体验。这些问题不仅损害了景区的声誉，也迫使景区在压力下暂停运营以进行整改。

红河谷漂流停止运营的原因是多方面的，既包括景区自身的运营问题，也涉及政府与企业间的复杂纠葛，同时还受到天气条件和设施服务不足等外部因素的影响。