肛裂产生的原因有三个：
第一个是最直接的原因，由于外力或者大便过干、过硬，在排出时对肛管皮肤进行损伤引起裂口。
第二个原因，由于多种原因导致的内括约肌痉挛，使得肛管静息压升高，当粪便通过时会对肛管产生撞击，导致肛裂发生。
第三个原因是解剖学因素，由于肛门前后被肛门外括约肌所包绕，但是肛门前后会形成一个三角形的裂隙，造成对肛门的支撑力不够，在肛管遭受到外力或者是粪便的撞击时会产生裂口，再加上肛管前后正中位血供不丰富，一旦产生裂口，愈合的时间会比较长；还有一个正常的解剖结构是每个人都有的肛直角，由于肛直角的存在，使得粪便通过肛门时，对肛门的后正中位产生比较大的压力，是肛裂好发于肛门的后正中位的原因。
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