胃肠功能紊乱在临床中应称为功能性胃肠病，是由生物、心理、社会因素共同作用导致的肠脑互动异常，临床上缺乏解剖结构异常，表现为慢性或反复发作的胃肠道症状的综合征。常见的包括功能性消化不良、肠易激综合症、功能性便秘等。
需根据病因、疾病类型采用综合治疗。如功能性消化不良治疗方案有改善生活习惯、根除幽门螺旋杆菌、抑酸、促胃肠动力、精神心理相关治疗等。肠易激综合征的治疗有调节饮食，对药物的选择应因人而异，对症处理。根据腹泻、便秘或腹痛、腹胀等表现选择对症治疗药物。
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