由于甲状腺组织的免疫功能发生了某些变化，使身体对它产生了免疫反应，导致抗原、抗体的变化，最终使得甲状腺蛋白抗体增高。如果甲状腺过氧化物酶抗体也高，不管甲功如何，都考虑是桥本甲状腺炎，需要进一步进行检查，明确原因。
如果甲状腺过氧化物酶抗体正常，甲功减低，考虑桥本甲状腺炎引起的甲减。如果甲状腺过氧化物酶抗体正常，促甲状腺素受体抗体升高，甲功升高，考虑毒性弥漫性甲状腺肿引起的甲亢。如果甲状腺过氧化物酶抗体正常，甲功正常，首先还是考虑桥本甲状腺炎。
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