胆囊结石形成的原因比较复杂，凡是能够引起胆汁中胆固醇以及胆红素代谢紊乱的因素，都可以形成胆囊结石，比如遗传因素。胆囊结石的形成与遗传、种族有关系。研究表明有胆囊结石患者的下一代患胆囊结石者明显高于一般人，通常这种胆汁称为遗传性致死性胆汁，与先天胆汁酸盐中含量过低有关。
另外胆囊的急、慢性炎症可以引起胆囊中的胆汁、胆固醇沉淀，而形成胆囊结石。还有就是饮食因素，如长期不进食早餐或者长期摄入高胆固醇、高糖饮食的人都容易患胆囊结石。
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