慢性肠炎是指肠道黏膜的慢性炎症，慢性肠炎常常是由于微生物感染、过敏、变态反应、自身免疫的因素所导致的肠炎。临床表现多为长期慢性或反复的肠炎症状，慢性肠炎的主要治疗方法为抗菌治疗和对症治疗。
对有细菌、真菌或寄生虫感染的慢性肠炎，要给予抗菌药物的处理。如果出现腹痛的患者，可给予解痉止痛的药物治疗，常见的有阿托品等。如果出现腹泻，可给予蒙脱石散剂止泻以及肠道益生菌处理，常用的有地衣芽孢杆菌、金双歧等。
当出现电解质紊乱的时候，可给予补液支持治疗，还可以采取中医中药的治疗。
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