三叉神经痛的病因尚不清楚，可能为治病因子使得三叉神经脱髓鞘而产生异位冲动或伪突出传递所致，过去认为原发性三叉神经痛并无特殊的病理改变。
近年来对病人进行三叉神经感觉根切断术，手术活检发现神经节内节细胞消失，神经纤维脱髓鞘或者髓鞘增厚，轴索变性或消失，发现部分三叉神经痛患者，颅后窝有小的异常血管团压迫三叉神经根或延髓外侧面，手术解除压迫后可治愈。
三叉神经痛是原因未明的三叉神经分布区内的短暂而反复发作的剧痛，又称原发性三叉神经痛。
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