在临床上对于肛窦炎无所谓何种药物最为有效，因为肛窦炎通常是因为肛窦部积存粪便继发细菌感染所引起的感染性疾病。由于粪便中绝大多数细菌是革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌以及厌氧菌。
所以目前在临床上对于肛窦炎一般选择经验性的用药，通常是三代以上的头孢类抗生素，同时也可以选用或者说结合使用、联合使用抗厌氧菌的药物。但是确切的情况需要根据药敏结果来决定。所以说，目前在临床上对于肛窦炎治疗没有所谓效果最好的药物。
通常是要保持大便松软，通常便后洗浴，必要时可以成1:5000高锰酸钾坐浴。对于出现感染症状比较严重时，可以考虑口服，甚至肌肉静脉使用三代以上的头孢类抗生素，并配合使用抗厌氧菌类的药物。
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