超声内镜和胃镜的主要区别就是可以发现胃内部病变的浸润深度，是在胃壁的哪一层发生了病变。
胃镜检查是在患者胃内部用镜头进行观察，主要是观察患者胃粘膜是否有病变，比如胃部炎症性病变或者溃疡性病变。如果胃部肿瘤，可以发现肿瘤向胃腔内凸起或者是溃疡性病变等等，但是并不能够观察到肿瘤浸润到胃壁的深度。
如果是胃部有胃间质瘤，胃粘膜完整的，对于比较小的间质瘤，胃镜有可能发现不了。
但是超声内镜相对来说，对肿瘤进入的深度以及间质瘤的诊断是比较好的。它能够发现肿瘤浸润到胃壁哪一层，比如侵犯到黏膜层、黏膜下层或者肌层等等。
如果是胃癌的内部发生了间质瘤，超声内镜的诊断率是比较高的。
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