乙型肝炎小三阳是乙肝病毒感染的一种状态。一般情况下，感染率与年龄无关，不管是成年人还是儿童，或者是新生儿，感染乙型肝炎，一开始都是大三阳。
随着人体免疫系统的成熟，免疫细胞能够识别并清除体内的乙肝病毒，体内的乙肝病毒复制逐渐下降，病毒量的逐渐减少。当人体的免疫细胞完全清除了体内乙肝病毒后，此时会从大三阳转为小三阳，肝功能正常，乙肝病毒DNA未检出，乙肝两对半提示乙肝小三阳。这种情况也叫做非活动性乙肝病毒携带者，这种情况不需要抗乙肝病毒治疗，但需要定期复查肝功能、乙肝病毒DNA、甲胎蛋白、肝脏彩超等指标。
部分患者的免疫力虽然识别并清除了体内的乙肝病毒，但由于免疫系统不够强大，不能完全清除乙肝病毒。经过反复多次清除体内部分的乙肝病毒后，体内的乙肝病毒发生了前C区基因变异，此时乙肝病毒不合成e抗原，仅表达e抗体。此时乙肝大三阳也转化成乙肝小三阳，但体内的乙肝病毒DNA仍可检出，肝功能正常或者不正常。
肝脏出现了一定的炎症和纤维化，此时的乙肝小三阳是活动性慢性乙型肝炎。这种情况需要采用抗病毒药物，抑制和清除体内乙肝病毒DNA，避免肝炎反复活动最终出现肝硬化或者肝癌。
人体会得乙肝小三阳是由于人体感染乙肝病毒后，体内的免疫系统和乙肝病毒相斗争的结果。
