导致卵巢萎缩的原因有很多，一般女性进入更年期后卵巢会出现严重的萎缩，属于正常的生理现象。
如果还没有进入更年期，就出现卵巢萎缩，首先考虑可能是由于免疫因素而引起的，特别是患有自身免疫性疾病，比如红斑狼疮、类风湿性关节炎等。
其次，考虑细胞遗传而引起，比如先天性生殖细胞减少，染色体异常等。
最后是由于手术，化疗可导致促性腺激素分泌缺乏，使卵巢不能正常分泌促性腺激素而出现的卵巢萎缩。
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