HPV四价疫苗和九价疫苗的主要区别在于接种的预防宫颈HPV病毒的种类不同，四价HPV疫苗主要预防6型、11型、16型和18型这四种HPV病毒的感染。而九价疫苗除了四价疫苗的病毒以外，还包括31型、33型、45型、52型、58型等。
四价HPV疫苗大约能预防70%的宫颈癌发生和90%的尖锐湿疣的发生，而九价疫苗可以预防大约90%的宫颈癌的发生，以及尖锐湿疣的发生。
四价疫苗的接种年龄在20-45岁，而九价疫苗的接种年龄在9-25岁之间。
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