核酸检测是在实验室的条件下，通过分析致病微生物DNA或者RNA基因学的序列，进行临床病因学的确诊。此种核酸检测的方法是利用PCR扩增的方法进行检测，需要很多的步骤，最快也要六个小时才能出结果。
该种检测灵敏度高，成本高，完全手工操作，工作量非常大，同时要求实验室的条件也比较高，是目前及早确定病人是否感染病毒以及及早发现和及早治疗最有效的检测方法。
临床上常用于艾滋病，人乳头状瘤病毒以及新型冠状病毒核酸检测。如果检测某种病原体核酸检测阳性，提示感染了某种病原体。核酸检测提高了检测灵敏度和特异性，缩短了窗口期。
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