棘阿米巴性角膜炎有角膜炎所共有的特征，比如说眼部的红，眼睑的肿，畏光，流泪，眼睑痉挛。另外，棘阿米巴可以出现放射性神经炎的症状，病人可以出现剧烈的眼痛。因为棘阿米巴原虫沿着角膜神经末梢侵入角膜，出现剧烈的疼痛，就是放射性的神经痛，这是棘阿米巴特有的表现。
临床上不是所有的病人都有这种表现，大约50%以上的病人会有放射性神经痛的特点。另外有的病人症状不明显，因为棘阿米巴的病程比较长，早期可能只是有异物感，然后随着病原的繁殖，角膜病灶的扩大，局部刺激症状会逐渐的加重。
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