肺炎支原体感染在临床上可以出现咳嗽、咳痰、发热、乏力，甚至出现消化道的症状。在临床上，实际上咳嗽是人体的正常的反应，也就是通过咳嗽将肺部的痰液排出，是一个正常的临床表现。但是咳嗽可能会影响生活质量，在积极控制感染的情况下往往咳嗽会慢慢的减轻。如果说咳嗽很明显的时候，可以在临床上给予一些对症性的止咳药。
如果感染已经完全控制了，患者仍然咳嗽，那就不要简单地认为是因为肺炎支原体感染造成的咳嗽，可能在这个时候还合并其他的问题。比如是不是有慢性咽炎，是不是可能有咳嗽变异性哮喘，是不是变应性的咳嗽，或者是不是最近刚刚有高血压，吃的降压药副作用引起来的咳嗽。总之原因是非常多的，需要一一地进行排除。
