心脏CT的副作用的主要来自两个方面，一方面来自X线的辐射，这个问题它在所有的X线检查当中是不可避免的，但是在CT的发展进程当中，可以通过硬件软件的改良来减少辐射。在CT的扫描过程当中，医护人员要常规地对非投照部位进行防护，特别是射线敏感的部位，比如甲状腺，性腺，眼球。
另一方面来自造影剂，目前做心脏CT所用的造影剂，都是非离子型的碘对比剂，虽然副作用很小，但是还可能出现一些不良反应，主要包括以下几个方面：第一过敏反应，所有的过敏体质或者是明确对碘过敏的患者，不建议做此类检查；第二对肾脏造成损害，它具有一定的肾毒性，因为造影剂进入人体以后，主要通过肾脏排泄，所以肾功能不全的患者不建议做此类检查，假如患者因为病情需要必须进行检查，在检查以后我们要立即进行透析，将造影剂透析出去，避免造成肾脏的更大的损害，还有要注意的是，糖尿病患者在服用二甲双胍期间，要停药48小时，然后再做检查；第三可能对心脏功能严重不好的患者会加重心脏的负担，也不建议做此类检查；第四对于甲亢的患者，在使用碘剂以后，因为摄入碘过多，可能会产生甲状腺危象，所以甲亢患者也不建议做这类的检查。