脑积水的治疗大部分都需要神经外科做手术，但是要根据原因不同而采取的方式不同。如果病人是梗阻性的脑积水，比如长了巨大的肿瘤，首先要解决的是切除肿瘤，需要开颅手术，或者是对于儿童脑室腹腔分流手术，放异物在身体里，孩子要不断生长，这个时候害怕影响生长发育，可以在内窥镜底下做三脑室底造瘘术，这也是经颅的手术。如果要治疗脑积水在颅腔的正中心，外科手术治疗都是要开颅的，只不过是有微创和开放的区别。
交通性脑积水，或者是没有明确病症的梗阻性脑积水，或者是先天性结构异常的脑积水，主要的手术是脑室腹腔分流手术。在颅腔和腹腔之间建立新的通道，植入分流管，有单向的阀门，有固定的压力，允许脑积液从颅内流到腹腔里，这个手术只在颅腔打小孔，是微创的开颅手术。
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