肛门疼痛原因很多。首先在腹泻、便次多的时候，刺激肛门导致肛门疼痛，可以自行用中药或者温水坐浴，可以擦软膏或护手霜，一两天就可以改善。第二，肛裂。在便秘时肛管损伤，这种裂口疼的时间比较长，用药连续5~7天便可以自愈。第三，肛窦炎症。肛门里有些小隐窝，称之为肛窦。在炎症或者身体弱的情况下，可以导致肛窦炎症，这种炎症不好治，可以用药保守治疗，也可以手术治疗。第四，剧烈活动或者便秘情况下导致的肛门周围的小血管破裂，出现血栓、外痔，早期疼的比较厉害，用手可以摸到像米粒大、豆粒大的小硬结，无需治疗可以自行消失。
再者外痔、肛门周围本身有些小痔疮发生红肿造成疼痛。比较重的疾病如肛周脓肿，这种疼痛有包块、比较大，压疼明显，甚至发烧。如果是肛周脓肿疼痛的话，需要马上到医院就诊、用药或者手术及时治疗。另外也少见于一些坏死性筋膜炎、大汗腺炎、藏毛窦炎症等等。
