‌安徽亳州治疗巨乳头性结膜炎较好的医院包括亳州市中医院眼科（安徽省重点专科）、亳州市人民医院（眼底病变专科）以及安徽省立医院亳州分院（综合型三甲），其中亳州市中医院拥有进口高精设备和专业团队，擅长过敏性及炎症性眼病治疗。‌

1. ‌亳州市中医院眼科‌
   该科室是安徽省重点专科，配备日本进口手术显微镜、美国激光治疗仪等先进设备，医护团队含主任医师1名、副主任医师2名，擅长结膜炎、黄斑病变等炎症性眼病，采用中西医结合疗法，对巨乳头性结膜炎的药物治疗（如色甘酸钠滴眼液）和光动力疗法经验丰富。

2. ‌亳州市人民医院‌
   眼科重点针对糖尿病、过敏等引发的眼底病变，拥有非接触式眼压机、数字化裂隙灯等设备，可开展结膜炎的免疫调节剂（如环孢素）和激光治疗，尤其对伴随全身性疾病的患者提供综合诊疗方案。

3. ‌安徽省立医院亳州分院‌
   作为三甲综合医院，其眼科设屈光不正科、眼表疾病科等，能进行巨乳头性结膜炎的冷凝治疗和手术切除（如乳头状结节切除），并联合超声乳化仪等设备精准操作，适合复杂病例。

‌提示‌：巨乳头性结膜炎需避免接触过敏原（如花粉、螨虫），早期使用抗炎滴眼液可控制症状。建议根据病情选择医院，急重症优先三甲综合医院，慢性或过敏倾向患者可考虑中医院调理。