药店变更地址后医保协议是否有效需视情况而定，若药店按要求及时申请变更且通过审核，​​医保协议可保持有效并继续在新址使用​​，否则可能面临协议终止或无法刷医保卡的风险。

若药店在获得相关部门批准地址变更后未在30个工作日内向经办机构提出申请，或提交的变更内容不符合规定条件，医保协议将自动中止甚至终止，导致医保结算功能失效。例如武汉市规定，门诊慢特病及“双通道”定点药店原则上不得跨行政区域变更注册地址，若因特殊情况确需变更，除提前申请外还需通过重新评估，否则原协议会被解除。温州市则明确，药店跨辖区变更地址将终止原协议，需在新辖区重新申请定点资质。

药店完成地址变更后，医保经办机构会重新审核其资质条件。例如武汉市要求药店必须通过资料审核与现场评估，评估合格后才能重新签订协议并保持原协议截止日期不变；温州市则需参照原定点评估标准全面复核，符合要求才能恢复医保服务。若在协议中止期间发生医药费用，医保基金将不予结算且已结算的费用需追回。

为确保医保协议持续有效，药店应在地址变更获批后30天内主动申请变更，并配合经办机构完成审核流程；同时关注地方政策差异，如武汉市对慢特病及“双通道”药店的特殊限制，或温州市关于重新申请定点的规定。药店应避免在医保协议中止期间发生医保结算行为，以防触发违规处罚条款。