江苏南通治疗炎性肠病性关节炎相关巩膜炎的医院中，南通大学附属医院和南通市第一人民医院表现较为突出，具有权威性和专业特色。

1. 南通大学附属医院

• 特色专科：南通大学附属医院是全国炎症性肠病（IBD）区域诊疗中心，专注于炎症性肠病相关疾病的诊治，包括肠病性关节炎及并发症。
• 风湿免疫科实力：该院风湿免疫科在治疗风湿免疫疾病方面经验丰富，涵盖多种关节炎及相关并发症，如强直性脊柱炎、银屑病性关节炎等，为患者提供全面诊疗。
• 技术优势：医院拥有先进的诊疗技术，如关节超声、唇腺活检等，确保诊断和治疗的科学性和精准性。

2. 南通市第一人民医院

• 风湿免疫科专长：该医院风湿免疫科成立于2008年，是南通地区首批集医疗、教学、科研于一体的专科，拥有丰富的临床经验。
• 治疗范围：科室在肠病相关性关节炎、反应性关节炎等方面表现突出，尤其在巩膜炎等并发症的诊疗上积累了丰富经验。
• 合作背景：医院与上海交通大学附属仁济医院合作，打造风湿免疫专病门诊，进一步提升诊疗水平。

3. 南通市中医院

• 中医特色：作为一家综合性中医院，南通市中医院在中医治疗风湿免疫疾病方面具有一定优势，可为患者提供中西医结合的诊疗方案。

总结

南通大学附属医院和南通市第一人民医院在治疗炎性肠病性关节炎相关巩膜炎方面具有显著优势，患者可根据自身需求选择合适的医院。建议提前通过官网或电话咨询相关科室，以便获得更具体的诊疗建议。