内蒙古治疗蚕蚀性角膜溃疡的医院排名中，综合实力较强的三甲医院包括内蒙古自治区人民医院、内蒙古医科大学附属医院、呼和浩特市第一医院等，专科优势突出的机构如内蒙古医学院二附院（骨科专科）和通辽市医院（多学科协同）也值得关注。

1. 三甲综合医院推荐
   内蒙古自治区人民医院作为全区规模最大的三甲医院，拥有国家级临床重点专科和先进的眼科诊疗设备；内蒙古医科大学附属医院在神经外科与普通外科领域具有优势，眼科治疗经验丰富；呼和浩特市第一医院则以百年历史和全方位科室设置著称，尤其适合复杂病例的综合管理。

2. 专科与地区性医院选择
   内蒙古医学院二附院虽是骨科专科医院，但精细化分科和康复支持能为角膜溃疡术后患者提供针对性护理；通辽市医院的消化内科和新生儿科为自治区重点学科，适合合并全身性疾病患者；包头市中心医院则以国家临床重点专科（未明确科室）和本地化服务见长。

3. 其他注意事项
   部分患者可能需结合交通便利性选择地区医院，如包医二附院（包头）、赤峰市第二医院等；若需儿童或孕产妇专项治疗，可优先考虑内蒙古妇幼保健院。建议根据病情复杂程度、合并症情况及医生专业背景综合评估。

早期规范治疗对蚕蚀性角膜溃疡至关重要，建议优先选择设备完善、学科协作能力强的医院，并提前预约专家号以减少等待时间。