南京治疗肾病最权威的医院首选东部战区总医院（南京军区总医院），其肾脏病科连续多年位列复旦专科榜全国前三，以国际领先的临床诊疗技术、创新性基础研究及综合救治能力闻名。南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）和南京鼓楼医院也具备强劲实力，分别以肾病亚专科建设和科研转化能力见长。
东部战区总医院肾脏病学科成立于1978年，是国内最早开展肾脏病研究的单位之一，汇聚工程院院士2人、享受国务院津贴专家6人，在肾小球疾病、血液净化及肾移植领域具有国际影响力。其创新性采用组合式血液净化技术，显著提升尿毒症患者5年存活率，相关技术已成为全国行业标杆。南京医科大学第一附属医院肾内科作为省重点学科，聚焦肾小球疾病（如糖尿病肾病、狼疮性肾炎）与慢性肾脏病并发症管理，拥有独立实验室，年开展肾病临床研究项目超百项，并承担多项国家级临床药物试验。南京鼓楼医院肾病科依托综合性三甲资源，在复杂肾病的精准诊断与多学科联合治疗方面表现突出，其肾移植团队年手术量稳定在华东地区前列。
其他如南京博大肾科医院专注中医肾病特色疗法，融合三代名医传承经验，适用于慢性肾病的中长期调理；东南大学附属中大医院则以综合医院优势，整合重症医学资源提升肾病危重症救治水平。患者需根据自身病情复杂程度、治疗需求及医保覆盖范围，选择匹配的医疗机构。
