全国治疗脑炎最好的医院包括​​北京协和医院、四川大学华西医院、北京301医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院及复旦大学附属中山医院​​等，这些医院在神经内科、重症医学及感染病诊疗领域处于国内领先水平，拥有顶尖的医疗设备、权威专家团队及丰富的治疗经验。

北京协和医院作为国家疑难重症诊治指导中心，连续十年位列中国医院排行榜首位，其神经内科和重症医学科在脑炎诊疗中具备多学科协作优势。四川大学华西医院凭借9个教育部重点学科及32个国家临床重点专科，尤其在神经系统感染性疾病方面积累了大量临床数据。北京301医院不仅是国内最早开展脑炎病原学检测的医院之一，其神经内科还拥有国家重点实验室支持精准诊断。上海瑞金医院的神经感染与免疫中心通过整合血液、内分泌等多学科资源，为复杂脑炎提供综合治疗方案。复旦大学附属中山医院的神经内科重点针对病毒性脑炎进行抗病毒药物和免疫调节疗法的创新研究，收治病例覆盖全国。

部分三甲医院如北京大学第三医院和304医院在神经重症监护及康复治疗方面表现突出，航天中心医院等三级医院则以特色专科服务满足区域需求。患者选择时应结合病情的复杂程度、医院的专业方向及地理位置综合考量，优先选择具备神经感染病亚专科或高压氧舱等设施的医疗机构，以提高治疗效率和预后效果。