​​西藏昌都社保基数16400元和5000元的核心区别在于缴费金额、待遇水平及长期权益：基数越高，个人与企业当期缴费压力越大，但养老金、医保报销等未来福利更优厚；基数5000元虽缴费负担轻，但保障水平相应降低。​​

1. ​​缴费金额差异​​
   以养老保险为例，基数16400元时个人每月缴纳$16400\times 8$元，单位缴纳$16400\times 16$元；基数5000元时个人仅需$5000\times 8$元，单位缴纳$5000\times 16$元。医疗保险、失业保险等其他险种同理，基数差异直接导致月缴费差额达数千元。

2. ​​养老金待遇对比​​
   养老金计算与缴费基数强相关。基数16400元缴费15年，个人账户积累额约为$1312\times 12\times 15=236160$元（不计利息），远高于基数5000元的$72000$元。退休后，前者基础养老金和个人账户养老金均显著高于后者，长期差额可能达每月数千元。

3. ​​医疗保障差异​​
   基数16400元的医保个人账户月划入金额更高（如按2%比例划入为$328$元，基数5000元仅$100$元），且部分地区的住院报销比例或年度限额与缴费基数挂钩，高基数可能享受更高报销待遇。

4. ​​企业成本与合规风险​​
   企业为员工按16400元基数缴费，人力成本显著增加，但符合“按实际工资申报”的合规要求；若员工实际工资高于5000元却按低基数缴费，可能面临社保稽核风险，需补缴差额及滞纳金。

​​提示​​：选择社保基数需权衡当期压力与长期收益，建议根据实际收入合规缴费。灵活就业人员可在6928元至34638元间自主选择基数，但低于16400元可能影响未来福利水平。