​​脑灰质异位的治疗目前尚无特效方法，需结合症状采取综合治疗策略，包括药物、手术、康复训练及心理支持，核心目标是控制癫痫发作、改善神经功能障碍并提升生活质量。​​

​​药物管理是基础手段，抗癫痫药（如卡马西平、丙戊酸）是控制癫痫发作的首选，若单药无效或产生耐药性，需联合用药或调整方案。针对神经功能障碍（如运动协调性差、认知迟缓），可辅助神经营养药物（如神经节苷脂、脑蛋白水解物），但需定期监测副作用。​​

​​功能康复需长期坚持，通过物理治疗、作业治疗和语言训练改善运动能力、日常活动技能及沟通水平。康复计划应个体化，依据功能障碍程度制定阶段性目标，并配合功能性电刺激或经颅磁刺激等新技术增强疗效。​​

​​手术治疗适用于难治性癫痫患者，尤其是病灶位置明确且远离功能区的情况。切除手术或射频消融可减少异常放电区域，但需评估术后神经功能风险。深部脑刺激等新兴疗法在研究阶段显示一定潜力，但仍需更多临床验证。​​

​​患者家庭的支持至关重要，心理辅导和家庭教育能帮助患者适应生活变化，避免因长期症状导致社交退缩或情绪障碍。定期复查和多学科协作（神经科、康复科、心理科）可动态调整方案，实现更精准的干预。坚持科学管理与干预是改善预后的关键。​​